El topónimo Jakutegi

 Jakutegi es una plaza de Urnieta. Aunque no se dispone de testimonios antiguos, se puede hacer un análisis, considerando que ha habido un pequeño cambio, que no es común.
El topónimo tendría dos elementos, al final el sufijo -tegi 'lugar (cubierto)', muy común en nombres de casas y en la base aparece jaku-, que muy posiblemente se trata del antropónimo Jakue 'Jacobo', con la vocal final perdida. Se trata de uno de tantos antropónimos cuya difusión se debe a la iglesia cristiana, que también ha tenido reflejo en la toponimia, como se puede ver en el topónimo Doñakua, entre tantos otros. La forma Jakue fue usada en la Edad Media y posiblemente no llegó hasta el siglo XVI.
Resumiendo, NP Jakue + -tegi > *Jakuetegi > Jakutegi. La fecha del cambio es desconocida pero seguramente fue favorecida por la pérdida del antropónimo.

El topónimo Villacobe

Villacobe es un paraje de Valdegovia/Gaubea. Hay tres testimonios más en el libro de Gerardo Lopez de Gereñu Toponimia alavesa, seguido de Mortuorios o despoblados y Pueblos alaveses:

VILLACABE, término de Barrio.
VILLACOBE, 1692, labrantío en Barrio.
VILLACOBI, 1722, el anterior.

Tenemos tres testimonios más y los tres diferentes, el más antiguo es como el actual, el de final del siglo XVIII tiene como vocal final /i/ y Villacabe, si no es una cacografía, es fruto de una asimilación.
El topónimo tendría dos elementos, como el topónimo Villafrade. En la parte inicial estaría villa y en la final el antropónimo Jacobe. Este nombre, como tantos otros, se extendió por Europa por la influencia de la iglesia cristiana y es la base de diferentes topónimos como Doñakua, también alavés.
El topónimo Villacobe ha conservado la velar intervocálica, en vez de su variante sonora, más común en lengua romance. Una curiosidad, Sabino Arana dio como equivalente a Jagoba, sin tener en cuenta la tradición vasca con Jakue.

El topónimo Doneakue

 Era un topónimo alavés, recogido del libro Documentación Municipal de la Cuadrilla de Salvatierra: municipio de San Millán-Donemiliaga (1214-1520). En total aparece seis veces, todas en el doc. 40, año 1463.
Los primeros dos testimonios, p. 179:

... los lugares despoblados de Doneaco y de Berezeca, deciendonos, la parte de las dichas aldeas de Vicuña y de Eguilaz, auer parte y perteneçernos derecho en los terminos y montes y yeruas y pastos y grana y çeuera y aguas estantes y corrientes de los dichos lugares de Doneaco y Bereçeca para ellos y en cada una parte de ellos...

El siguiente, p. 181:

Con mas poder que les damos para que puedan apear y mojonear y señalar los dichos terminos, montes, pastos y eruajes y aguas de los dichos lugares despoblados de Doneacue y de Berezeca, asi ante de la sentencia y pronunciamiento y laudo...

El cuarto testimonio, p. 185:

... los dichos lugares despoblados de Doneacu y Berezeca.

El quinto testimonio, p. 186:

Y dende otro moxon deuajo de la llana de Doneacue.

Y el último testimonio, p. 187:

Yten, fallamos que el agua que desçiende de la fuente de Doneacue que deue ir y correr a las dos aldeas de Vicuna y de Eguilaz por donde siempre corrio sin contradizion ni embargo de los vecinos de San Roman.

El topónimo muestra tres variantes, Doneako, Doneakue y Doneaku. La más cercana al original sería Doneakue. En la variante Doneaku se ha perdido la última /e/ y Doneako podría ser una variante castellanizada de la anterior, ya que es conocido que en algunos topónimos se ha producido -u > -o, por influencia del castellano.
Este topónimo era un hagiónimo, un nombre de santo. En la parte inicial estaba done 'santo', como en el topónimo Donikendi, y en la parte final el antropónimo, en este caso el conocido Jakue 'Jacobo'.
Mitxelena en su Nombres vascos de persona trató sobre este antropónimo:

Jakobe, Jakue Jacobo, Santiago: «sanctum Iacobum uocant Jaona domne Jacue» Guía del peregrino de Santiago (s. XII), Jacue bichia, Jacue dorbaiz, etc. Rolde 1366, Iondone Iacue Apostolua Axular 252; Isasti 472 llama Jacue de Astigar a la misma persona a quien en 213 llama Jacobo (ms. Jacobe). Jacue apellido corriente en Nav. Iondoné Iakhubé Apostoliac (activo), Ioandoné iakhubek (id.) Tartas 27 y 170, Jaun Done Jakobe Duv. Leiç. y Haraneder dicen Iaques, Etchahun Sen Jakan «en Santiago (de Compostela)».

El único cambio ocurrido en el topónimo sería la pérdida de la /i/, ya que al juntar los dos elementos se habría creado *Doneiakue. Se trata de un cambio conocido, como en el topónimo Ibaeta que originariamente sería *Ibaieta.

El topónimo Jakobetxe

Jakobetxe fue un topónimo de Rigoitia, en vasco Errigoiti. Según parece no ha llegado hasta nuestros días. Los dos testimonios conocidos se encuentran en el libro Nombres de familia y oicónimos en las fogueraciones de Bizkaia de los siglos XVII y XVIII:

"Jacobeche [N, TO]
Jacobeche (la casa de), Rigoitia, a.1796, FogVizcayaMs.
Jacobeeche (la caseria de), Rigoitia, a.1745, FogVizcayaMs".

El topónimo tiene una estructura bastante transparente, sobre todo en el primer testimonio, donde se ven claramente los elementos formantes del topónimo, sin ningún cambio: Jakobe + etxe. El primer elemento es el antropónimo Jakobe 'Jacob(o)', como versión vasca del bíblico Jacob, junto con las variantes Jakube y Jakue.
K. Mitxelena en su trabajo Nombres vascos de persona, así explica este antropónimo:

"Jakobe, Jakue Jacobo, Santiago: «sanctum Iacobum uocant Jaona domne Jacue» Guía del peregrino de Santiago (s. XII), Jacue bichia, Jacue dorbaiz, etc. Rolde 1366, Iondone Iacue Apostolua Axular 252; Isasti 472 llama Jacue de Astigar a la misma persona a quien en 213 llama Jacobo (ms. Jacobe). Jacue apellido corriente en Nav. Iondoné Iakhubé Apostoliac (activo), Ioandoné iakhubek (id.) Tartas 27 y 170, Jaun Done Jakobe Duv. Leiç. y Haraneder dicen Iaques, Etchahun Sen Jakan «en Santiago (de Compostela)»".

Por tanto, la base sería Jakobe y el elemento final sería etxe 'casa', que no es un nombre que sea habitualmente utilizado junto con antropónimos. Es más común el uso de sufijos como en Txabalonia o Tizunenea. También es muy conocido -tegi 'lugar (cerrado)', como en el topónimo Telutegi.